目前，各国益生菌制品的种类非常多。益生菌所采用的菌种主要来源于宿主正常菌群中的生理性优势细菌、非常驻的共生菌和生理性真菌3大类。生理性优势细菌多为产乳酸性细菌，大致包括7个菌属的上百个菌种；非常驻的共生菌在宿主体内的占位密度低，是具有一定免疫原性的兼性厌氧菌或需氧菌，可以是原籍菌群、外籍菌群或环境菌群，如芽孢菌属、梭菌属等；生理性真菌包括益生酵母。
在我国，通过国家卫生和计划生育委员会批准应用于人体的益生菌主要有以下种类：
①乳杆菌属，德氏乳杆菌、短乳杆菌、纤维素乳杆菌、嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、发酵乳杆菌、植物乳杆菌、罗特乳杆菌、约氏乳杆菌、格式乳杆菌、类干酪乳杆菌、鼠李糖乳杆菌等；
②双歧杆菌属，青春型双歧杆菌、两歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、动物双歧杆菌、长双歧杆菌、短双歧杆菌、嗜热双歧杆菌、乳双歧杆菌等；
③肠球菌属，粪肠球菌和屎肠球菌；
④链球菌属，嗜热链球菌、乳酸链球菌等；
⑤芽孢杆菌属，枯草芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌属、地衣芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等；
⑥梭菌属，主要为丁酸梭菌，此菌也称酪酸梭菌；
⑦酵母菌属，主要是布拉酵母菌。
1. H.pylori相关性胃炎
H.pylori感染是慢性胃炎的主要病因，随着H.pylori耐药率的增高和根除率的下降，以及胃内微生态的组成逐渐明确，益生菌的应用为根除H.pylori提供了新的思路。有研究指出，某些微生态调节剂可以减轻或消除根除H.pylori过程中引起的不良反应。布拉酵母菌可提高H.pylori根除率，降低不良反应发生率，减少抗生素相关性腹泻。
2. 非酒精性脂肪性肝病和代谢性疾病
非酒精性脂肪性肝病（non-alcoholic fatty liver disease，NAFLD）是指除饮酒和其他明确的肝损伤因素引起的，以弥漫性肝细胞大泡性脂肪变为主要特征的临床病理综合征，包括单纯性脂肪性肝病和由其演变的非酒精性脂肪性肝炎（non-alcoholic steatohepatitis，NASH），脂肪性肝纤维化和脂肪性肝硬化。肠道菌群在NAFLD发病中起重要作用，在国内外研究中均发现调节肠道微生态有助于防治NAFLD。
国内研究也发现，NASH患者服用益生菌Lepicol6个月，血清AST水平和肝内TG含量较对照组显著下降。枯草杆菌肠球菌二联活菌胶囊治疗NASH患者4周，治疗前后患者血清内毒素、二胺氧化酶（diamine oxidase，DAO）、D-乳酸和ALT水平显著降低。NASH患者口服双歧杆菌三联活菌胶囊3个月，肝功能指标、内毒素、DAO水平明显下降，肝脏脂肪含量明显减少。
糖尿病和肥胖是NAFLD常见的原因之一，且肠道微生态与肥胖、糖尿病密切相关。动物实验和临床试验均显示肥胖患者与健康人群肠道菌群的差异有统计学意义。
3. 抗生素相关性腹泻
抗生素相关性腹泻（antibiotic-associated diarrhea，AAD）是指伴随抗生素使用而发生的无法用其他原因解释的腹泻，实则为抗生素导致微生态失衡所致的腹泻。
国内外大量研究表明，使用益生菌能有效减少AAD的发病率，目前治疗AAD的益生菌主要包括双歧杆菌、乳杆菌、酵母菌、链球菌、肠球菌和芽孢杆菌等。如Hempel等对82种益生菌（乳杆菌、双歧杆菌、酵母菌、链球菌、肠球菌、芽孢杆菌）等预防和治疗AAD的随机对照临床试验进行Meta分析，结果表明多数情况下单独使用乳酸杆菌或联合使用其他益生菌均能有效降低AAD的发病率。然而，亦有不少研究认为益生菌对AAD的预防和治疗无明显效果，可能与菌种的选择、配伍、用量有关。
4. 肠易激综合征
肠易激综合征（IBS）是一组以腹部不适或腹痛伴有排便习惯改变为特征的功能性肠病，其发病机制复杂，可能与内脏感觉过敏、胃肠道动力异常、肠道菌群失调、小肠细菌过度生长、肠道感染、食物不耐受、免疫异常、社会心理因素，以及脑-肠轴异常等有关。诸多研究发现，肠道微生态失衡可能与IBS的症状产生和持续有关，主要表现为肠道微生物定植抗力受损，大肠埃希菌和肠球菌属数量增加，双歧杆菌和乳杆菌数量减少等。
根据国内外相关报道，益生菌治疗IBS整体有效，但个别报道认为疗效不确定。益生菌改善IBS主要通过以下4个方面起作用：①调节肠道菌群；②改善肠黏膜屏障功能；③调节肠道免疫功能；④降低内脏高敏感性。
益生菌为临床治疗IBS提供了新思路，但目前不同研究对于益生菌治疗IBS的疗效评价存在差异，可能与不同研究采用的益生菌种类、剂量、剂型、使用方法，以及疗效评价标准各不相同有关。
5. 炎症性肠病
炎症性肠病（IBD）包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）。IBD患者肠道中微生物种类与健康者有明显差异。临床研究和Meta分析显示，VSL#3在UC诱导缓解、维持治疗、预防和治疗术后贮袋炎方面起一定作用，维持治疗与5-氨基水杨酸疗效相当。另外，大肠埃希菌Nissle对UC也有相当于美沙拉秦的疗效。国内研究表明，枯草杆菌屎肠球菌二联活菌、双歧三联活菌等也有确切疗效。粪菌移植是恢复肠道菌群的治疗方法，对于治疗IBD具有良好的应用前景。目前推荐使用益生菌制剂作为辅助治疗，治疗CD的有效性则尚未定论。
6. 结直肠癌
结直肠癌（colorectal cancer）又名大肠癌，是结直肠黏膜上皮恶性肿瘤，其发生与遗传和环境因素密切相关。肠道菌群作为重要的环境因素，可通过共代谢途径影响宿主的代谢表型，与结直肠癌的发生具有一定的关联性。目前还没有发现某种特定细菌与结直肠癌的发生和发展具有因果关系，但有研究发现以下细菌和结直肠癌的发生相关，包括具核梭杆菌、大肠埃希菌、肝螺杆菌、脆弱拟杆菌和牛链球菌等，这些细菌在结直肠癌患者的肠道中数量明显增多，而产丁酸盐菌、罗氏菌、双歧杆菌和乳杆菌的数量则显著减少。
近年来，关于益生菌对结直肠癌的防治有一些报道，认为益生菌防治结直肠癌的机制主要为：
①改善肠道菌群，可使7α-脱羟基酶、β-葡萄糖醛酸酶、β-葡萄糖苷酶等致癌物失活；
②抑制腐败菌和致病菌的生长；
③增强宿主免疫功能；
④抑制肿瘤细胞的增殖；
⑤抑制酪氨酸激酶信号转导途径。体外实验证实，青春型双歧杆菌、植物乳杆菌、VSL#3、嗜热链球菌和保加利亚乳杆菌均能抑制人结肠癌细胞株HT-29、SW480和Caco-2的增殖。
