早在1907年，已有学者提出，饮用酸奶（含大量益生菌）可延年益寿的假说。人类其实早已在不知不觉中将益生菌使用了数世纪，各类发酵食品（比如中国人常吃的臭豆腐等）中就含有很多益生菌。近20年来，将由益生菌制成的微生态制剂用于防病、保健成了医学界关注的热点。
现有的微生态制剂共有三大类：一是益生菌，也称活菌制剂，能保持肠内菌群生态平衡，对宿主有益；二是益生元，能选择性地刺激肠内一种或几种有益菌生长繁殖，如膳食纤维、多糖等；三是合生素，益生菌与益生元共存的制剂。按功能分，微生态制剂有食品（如酸奶）、保健品（如昂立1号）和药品（如培菲康、丽珠肠乐、整肠生等）三类。按剂型分，又有口服液、胶囊、粉剂、片丸剂及复合剂等多种。一般地说，同时含有多种益生菌的多菌制剂效果最好，大家在选购酸奶或保健品时，不妨挑选那些含菌种多的产品。
从理论上说，任何人都需要维持肠道菌群的平衡，都需要补充益生菌。特别是儿童和老人，其肠道功能较弱，更需要多补充益生菌。但这并不意味着人人都需要服用保健品或药品。对大多数人而言，食品是补充肠道有益菌群的好方法，最简便易行的措施是多喝酸奶（每日250毫升）、多吃富含膳食纤维（即益生元）的食品（如蔬菜、水果、粗杂粮等）。对有慢性疾病（如糖尿病、肾病等）者而言，因这些疾病会损害肠道菌群，在饮食补充的基础上，长期服用一些益生菌或合生元类保健品，效果更佳。因肠道菌群失调导致腹泻、便秘、腹胀等问题者，则应在医生指导下进行益生菌药物治疗。在微生态制剂治疗消化道疾病的临床应用中发现，益生菌可用于治疗以下疾病, 1. 预防与治疗腹泻：包括儿童病毒性腹泻（轮状病毒感染）、旅游者腹泻、抗生素相关性腹泻等；2. 炎症性肠病：可预防炎症性肠病和用于炎症性肠病恢复期的维持治疗; 3.肠易激综合征（ＩＢＳ）：ＩＢＳ患者常有肠道感染病史、肠道黏膜的免疫功能发生改变、肠黏膜敏感性及动力异常，研究证实,在使用益生菌后ＩＢＳ患者腹痛、便秘有明显改善;4.急性胰腺炎：研究表明，急性胰腺炎早期予以肠内营养时加入益生菌可减轻病情，减少并发症，缩短住院天数。5.酒精性肝硬化及非酒精性脂肪性肝病：应用不同菌株混合物可使酒精性肝硬化和非酒精性脂肪性肝炎患者的ＡＬＴ和γ－ＧＴ等功能指标好转。
