随着医学的发展，人们也注意到，在人类的肠道，尤其是结肠（也就是平常所说的大肠）中，也存在着大量微生物。这些以细菌为主的微生物种类极多，数量极大。据推测，一个正常成人体内，肠道内的细菌总重量可达1-1.5千克，包含的细菌数量则可以达到1014个。而一个成年人自身的细胞数量为1013个，也就是说，居住在我们肠道内的细菌数量，是人体细胞总数的10倍！我们每天排出的粪便中，干重量的50%以上是由这些细菌及其“尸体”构成的。因此有人风趣的说，从数量上来看，我们人类并不应该被称为人类，而应被称作细菌。如此庞大的细菌群体驻扎在肠道内，构成了一个极为复杂的集体。这个集体，就被称作肠道菌群。

肠道菌群是“外来户”

    肠道菌群并非是生来就有的，它们实际上是“外来户”。在母体子宫内，胎儿所处的是一个几乎无菌的环境，因此胎儿肠道内也是无菌的。当胎儿出生之后的几天内，细菌通过分娩时阴道物质摄入、哺乳时的口腔摄入以及空气吸入等途径进入新生儿体内，并在肠道内定植，形成新生儿最初的肠道菌群。随着婴儿的成长，肠道菌群的种类结构逐渐趋于稳定，最终形成成熟的肠道菌群。这些微小的生物的群体就这样不知不觉的定居到人体之内，悄无声息的与主人相随一生。

复杂但组织严密的群体

    肠道内如此之多的细菌，并非杂乱无序的驻扎在肠道内。相反，对于一个正常人体来说，肠道菌群具有一定的组成结构。据估计，人体肠道菌群可包括500-1000种细菌，不过种类虽多，但各种细菌的数量差别却很悬殊：占细菌总数数量99%以上的细菌是由其中30-40种细菌构成的，其他多种细菌则只占到很小的比例。目前，已经鉴定出的细菌类群有百余个，包括拟杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌、芽孢杆菌、肠球菌、肠杆菌等。这些细菌根据其在肠道内不同的生理功能被分为三大类：共生菌、条件致病菌和病原菌。

共生菌

    所谓共生菌，故名思议，它和我们人体是互利共生的关系。简单的说，就是人体为细菌的生活提供生存场所和营养，而这些细菌则为人体产生有益的物质和保护人类健康。前面说到的双歧杆菌、乳酸菌、拟杆菌等，就是共生菌的典型例子。共生菌一般都是专性厌氧菌，从数量上说，它们占据了肠道菌群所有细菌数量的99%以上，是肠道菌群的主体。

    条件致病菌在肠道菌群内数量较少。它们从功能上来说是肠道内的“看客”。在正常条件下，由于大量共生菌的存在，这些“看客”并不容易繁殖开来造成危害。但若在一定条件下任由它们繁殖，那么就会对机体产生不良印象。肠道菌群中，常见的条件致病菌大多是肠球菌、肠杆菌等。

    肠道内的还有那么一小撮分子，它们在一般不常驻在肠道内。但是若不慎摄入，则有可能在肠道内大量繁殖，然后兴风作浪，导致疾病。这些就是致病菌。在致病菌的名单中，一些名字可以说臭名昭著，例如引起食物中毒的沙门氏菌、导致腹泻的致病性大肠杆菌等。

    从上面可见，正是由于共生菌占据了肠道菌群的主导地位，因此才能抑制条件致病菌不至于变为致病菌，并防止致病菌的侵扰。对于人体来说，维持肠道菌群处于正常的平衡之中，是保证机体健康的重要一环。若菌群结构发生异常，则可能带来很多潜在的健康问题。